国家能源生物炼制中心：坚持非粮原料，致力于发展生物质能源和生物炼制。建立以非粮生物质资源为原料 , 重要能源产品和生物基化学品的生物炼制和应用技术平台，开发具有自主知识产权与市场竞争能力的重大能源及化学品生物炼制新工艺，建立示范装置，促进能源生物炼制创新体系的形成，构建具有国际影响力能源生物炼制技术创新平台和产学研基地。为促进能源化工原材料由石油资源向可再生资源的转变，以及传统工业过程向绿色生物工艺转型升级提供技术支撑。

教育部生物炼制工程研究中心：以工业生物技术为基础研究微生物代谢过程、高效生物转化过程及新型高效分离技术，研制具有自主知识产权的生物炼制技术，重点开发生物基化学品、生物材料、生物能源、药品和食品添加剂。

北京市生物加工过程重点实验室: 利用生物催化和转化技术，进行产品加工，或新能源、新材料等的制备。重点在生物加工过程的关键应用基础问题研究及新技术的开发及放大。为生物技术的产业化服务，为北京市的生物和医药产业服务。

北京化工大学--厦门生物产业研究院：北京化工大学与厦门市科技局共建的技术转移机构，专业负责大学技术推广，人才培养，联合研究等产学研科技合作。重点技术服务领域有生物医药、食品工程、海洋生物、生物农业、生物能源、生物制造、生物环保及化学化工等。

北京化工大学环渤海生物产业研究院：承接国家京津冀一体化创新战略的重要载体和基地，将有效促进学校科技成果在秦皇岛及环渤海地区的转移转化。研究院将建设成为集人才培训和科技成果产业化于一体，进而服务当地经济发展的优势平台，同时也是展示我校科研成果的重要窗口。